A segunda fase do PTMJ dá continuidade ao programa de desenvolvimento territorial iniciado em 2017 pela Sitawi e pelo Fórum do Território Médio Juruá.

Com público-alvo de cerca de 4.500 moradores de 61 comunidades ribeirinhas e um território indígena, ao longo deste trecho do rio Juruá, a nova etapa do PTMJ segue o modelo de governança do primeiro período, envolvendo uma ampla base de atores locais e parceiros externos para, de forma participativa e colaborativa, desenvolver e implementar os projetos socioambientais. Entre eles estão, por exemplo, apoio ao manejo sustentável do pirarucu selvagem; extração de óleos vegetais; o monitoramento de praias de conservação de quelônios; empreendedorismo para jovens e mulheres; o fortalecimento organizacional local; a conservação da biodiversidade e coesão social.

Além do apoio da USAID/Brasil e da Natura, o PTMJ tem agora nesta segunda etapa a Plataforma Parceiros pela Amazônia (PPA) como parceiro estratégico e a participação da Aliança Bioversity/CIAT. A coordenação permanece com a SITAWI. Seis organizações comunitárias locais (ASPROC, ASMAMJ, AMECSARA, AMARU, CODAEMJ e ASPODEX) estão entre as implementadoras das ações. Contará ainda com o apoio do ICMBio, Secretaria Estadual do Meio Ambiente (SEMA) e OPAN.